Никита Мндоянц родился в 1989 году в Москве в семье музыкантов. Получил образование как пианист и композитор в Центральной музыкальной школе при Московской консерватории, Московской консерватории и аспирантуре, где его педагогами были Т. Л. Колосс, профессора А. А. Мндоянц и Н. А. Петров (фортепиано), Т. А. Чудова и А. В. Чайковский (композиция). Во время учёбы успешно выступал на международных конкурсах пианистов имени И. Я. Падеревского в Польше (2007, Первая премия) и В. Клайберна в США (2013), а также на многих юношеских международных и национальных конкурсах, где был удостоен первых премий.
В 2016 году Никита Мндоянц одержал победу на престижном Международном конкурсе пианистов в Кливленде (США).
В 2012 году в возрасте 23 лет Н. Мндоянц стал членом Союза композиторов России. В 2014 году был удостоен Первой премии на Международном конкурсе молодых композиторов имени Н. Мясковского, в 2016 году – памяти С. Прокофьева в Сочи. Является одним из героев документальных фильмов «Русские вундеркинды» (2000) и «Конкуренты» (2009), снятых немецкой фирмой Lichtfilm (режиссёр – И. Лангеман).
Будучи стипендиатом многих благотворительных фондов, Никита Мндоянц рано начал выступать в России и за рубежом. Его концерты проходили в Москве и Санкт-Петербурге, городах России, многих странах Европы, Азии и в США, на сценах престижных залов, среди которых Большой зал Московской консерватории, Концертный зал имени Чайковского, Большой зал Санкт-Петербургской филармонии, Концертный зал Мариинского театра, Лувр и Зал Корто в Париже, Центр изобразительных искусств в Брюсселе и Карнеги-холл в Нью-Йорке.
Музыкант играл с ведущими оркестрами, в том числе с Государственным академическим симфоническим оркестром России имени Е. Ф. Светланова, Заслуженным коллективом России Академическим симфоническим оркестром Санкт-Петербургской филармонии, Симфоническим оркестром Мариинского театра и Кливлендским оркестром. Выступал под руководством дирижёров Шарля Дютуа, Леонарда Слаткина, Эри Класа, Владимира Зивы, Александра Рудина, Александра Сладковского, Константина Орбеляна, Фёдора Глущенко, Миши Рахлевского, Тадеуша Войцеховского, Чарльза Ансбахера, Мурада Аннамамедова, Игната Солженицына, Валентина Урюпина и других. Принимал участие в международных фестивалях в России, Польше, Германии, США. С 2012 года Никита Мндоянц – пианист и композитор в резиденции Международного музыкального фестиваля в Висамбуре (Франция).
Среди его партнёров по камерному ансамблю известные музыканты – Александр Гиндин, Михаил Уткин, Валерий Соколов, Вячеслав Грязнов, Патрик Мессина, квартеты имени Бородина, Брентано, Эбене, Атриум, имени Цемлинского и имени Шимановского.
Музыку Никиты Мндоянца исполняют многие известные артисты и коллективы, в том числе Дэниел Хоуп, Илья Грингольц, Никита Борисоглебский, Александр Рудин, Александр Винницкий, Евгений Тонха, Мария Власова, Татьяна Васильева, Игорь Фёдоров, Анатолий Левин, Игорь Дронов, Сергей Кондрашев, Илья Гайсин, ансамбль солистов «Студия новой музыки», квартеты имени Шимановского, имени Цемлинского и Cantando, оркестры Musica Viva, Московской филармонии и Радио «Орфей». Его сочинения опубликованы издательствами «Композитор», «Юргенсон» и «Музыка».
В 2007 году фирма Classical records выпустила два диска Никиты Мндоянца, в один из которых вошла его музыка. В 2015 году на Praga digitals вышел диск с записью Квинтета М. Вайнберга в исполнении Никиты Мндоянца и квартета имени Цемлинского. В июне 2017 года вышел сольный диск пианиста, записанный фирмой Steinway&Sons.
Никита Мндоянц удостоен Почётного диплома Общества имени Бориса Чайковского за большой вклад в дело популяризации сочинений этого композитора. С 2013 года преподаёт в Московской консерватории на кафедре инструментовки.